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        新冠藥物潛在靶點研究

        由SARS-CoV-2病毒引起的新冠肺炎如火如荼的在全球蔓延,全球已報道的感染人數超百萬。針對這次全球爆發的疫情,各國科研工作者們針對病毒感染機制、有效藥物篩選以及潛在藥物靶點進行了大量研究。前期研究結果顯示病毒入侵依賴于ACE2、CD147以及TMPRSS2。

        3月由美、英、法等國的研究者共同研究并在線發表了A SARS-CoV-2-Human Protein-Protein Interaction Map Reveals Drug Targets and Potential Drug Repurposing一文。

        文中通過分析SARS-CoV-2病毒基因組信息,克隆表達了病毒的28個蛋白,包括4個結構蛋白(S、M、N、E)、15個形成復制酶/轉錄酶復合體的非結構蛋白(Nsp1、2、4-15及NSP5的突變體)以及9個假定輔助因子(Orf3a、3b、6、7a、7b、8、9b、9c、10)。然后用親和純化-質譜分析法對每種病毒蛋白與人蛋白進行蛋白相互作用(protein-protein interaction,PPI)分析,發現了332種高度可信的與病毒蛋白有相互作用的人靶蛋白。同時發現病毒蛋白與多種生物過程相關,包括蛋白轉運,翻譯,轉錄,泛素化調節等。

        此后,通過系統的化學信息學藥物搜索和通路中心分析,發現在332個靶蛋白中的66種是有針對性調節藥物的,這些藥物包括FDA已批準的、臨床試驗中的藥物以及臨床前化合物。研究者們目前正在檢測這些藥物的抗病毒活性。并同時希望通過本文的分析為開發廣泛有效的針對SARS-CoV-2和其他致命冠狀病毒株的抗病毒治療提供重要的分子靶點(見表1)。

        圖1. SARS-CoV-2蛋白與人蛋白相互作用圖譜1


        4月意大利的研究者在Journal of Clinical Medicine上發表了Master Regulator Analysis of the SARS-CoV-2/Human Interactome一文, 他們基于現有的SARS-CoV-2與宿主蛋白的相互作用組信息進行了主調節因子分析(Master Regulator Analysis),發現病毒感染對人類相互作用組中的細胞凋亡、線粒體機制以及ACE2蛋白受體的下調影響最大。這些通路中的靶因子可用于開發針對病毒的治療方案(見表2)。

        圖2. SARS-CoV2蛋白與人蛋白相互作用圖譜2


        參考文獻鏈接:

        https://www.biorxiv.org/content/10.1101/2020.03.22.002386v3.full

        https://www.mdpi.com/2077-0383/9/4/982/htm

         

        表1. 與SARS-CoV-2蛋白相互作用的人靶蛋白列表1

        AASS
        蛋白名稱貨號蛋白名稱貨號蛋白名稱貨號蛋白名稱貨號
        C855ETFAE527MFGE8B286PTGES2A905
        AATFA440EXOSC2H822MIB1L727PVRB550
        ACADMD662F2RL1A852MOGSD185RAB1AJ783
        ACSL3D673FBLN5D153MTARC1R574RALAM097
        ADAM9B829FBN1A593NARS2G132RBX1G674
        ADAMTS1B973FBN2A368NEU1B611RDXC774
        ANO6F813FKBP10E680NINC657RHOAE320
        AP2M1G107FKBP7E677NPC2L139RIPK1E640
        AP3B1G109GDF15C034NPTX1A298SDF2A477
        ATP13A3N361GGHJ038NUP210B421SIRT5E915
        BAG5F225GHITMB208NUP62C257SLC44A2E514
        BRD2F132GLAA183NUP88B198STC2F913
        CENPFA347GPX1A295NUP98B196STOML2F917
        CNTRLC373HMOX1A584NUTF2C671TARS2G136
        COL6A1C150HS2ST1H881OS9C693TBCAC784
        COMTJ365HYOU1C537PCNTC716TBK1H061
        CRTC3E001IDEB897PITRM1B473TIMM8BP581
        CSDE1M893IL17RAB644PKP2A445TOMM70P574
        CUL2F362IMPDH2F632PLATA525TOR1AG631
        DNMT1J244INHBEA048PLOD2E257UBAP2E593
        EIF4HF019ITGB1B042POFUT1C072UGGT2J268
        ELOBD968LMAN2H730POLA1C713WFS1L118
        ELOCD969LOXC580PORD312

        ERP44F404MAT2BG468PSMD8P778


        表2. 與SARS-CoV-2蛋白相互作用的人靶蛋白列表2

        蛋白名稱貨號蛋白名稱貨號蛋白名稱貨號蛋白名稱貨號
        EEF1A1F020TMPRSS2C795SERPING1A235ALBB028
        RNF128E936ENO1B449XPAE744NMBA803
        DCTN2C897UBE2IE600LCP1C561DDAH2D981
        ACE2B886BCL2L1E582COX2D284TPSAB1B070
        SFTPDB039CHEK2P087TBCBE725FKBP1AE641
        OCIAD2R870IKBKBJ822BAT3J947BCL2A778
        BCL2L2L251NAE1C219TPSB2D781HGSH912
        CAV1A214ISLRH781HNRPA1C252KPNA2E748
        CAMLGC356CD209B614CLEC4MB730DDX5L418
        PPIAA979TERF1C788IRF3B589MCL1C615
        PFDN5E738SMOC1N564BCL2A1L252


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